Датой основания села Нижние Пены считается 1650 год. Имя основателя пока неизвестно. Название села Нижние Пены скорее всего произошло от реки Пены, на берегу которой раскинулось село. С Пеной связано несколько названий село – Пенка (прежнее название с. Сырцево), Верхопенье, Вышние Пены, Нижние Пены, Пены.
Село Нижние Пены расположено на левом низменном берегу реки Пена. По правому берегу реки тянутся меловые кручи. На территории села находится более 20 низин в виде углубленных чаш – места бывших озер.
Село возникло на месте древнего поселения первобытных людей периода позднего палеолита. Подтверждением этому служат находки, сделанные в 60-е годы XX века в долине реки Пена: каменный топор эпохи неолита, челюсть шерстистого носорога, скелет мамонта и др.
До 1917 г. село носило имя Хотмыжка (Хотмынка), а с 1917 г. - Нижние Пены.
Первоначально входило в Карповский, затем в Обоянский уезды. Население исконно русское, отсюда и особый уклад жизни.
Изначально жители села относились к казенным крестьянам, но земли вокруг принадлежали в основном князьям Юсуповым. В Якушеном лесу (8 км от села) располагалось охотничье хозяйство князя.
Крестьяне вели трехпольную культуру земледелия. Кроме зерновых, выращивали коноплю. Разводили знаменитую романовскую породу овец.
По данным переписи 1895 г. в селе проживало 1717 человек (904 мужчин и 813 женщин).
Весной 1918 г. Ракитянский район был оккупирован германскими войсками и войсками Украинской Рады.
В 1929 г. в селе началась массовая коллективизация крестьянских хозяйств. Из первых 40 семей были организован колхоз им. Калинина. Немало жителей села было подвергнуто незаконным политическим репрессиям в период коллективизации и в середине тридцатых годов.
Во второй половине 30-х годов стартовало движение пятисотниц по выращиванию рекордных урожаев сахарной свеклы, его инициатором в селе была свекловичница Наталья Дадыкина. В 1935 г. она добилась урожая 543 цнт с гектара, Шабалина Е.П. - 518. За высокие урожаи сахарной свеклы Дадыкина Н.Ф. была награждена орденом Ленина, избиралась депутатом Верховного Совета СССР четырех созывов. Она выступала на VIII чрезвычайном съезде Советов, являлась делегатом III-го Всесоюзного съезда колхозников.
После встречи с наркомом продовольствия Микояном А.И., посетившим колхоз в сентябре 1935 г., пятисотницы были приглашены на правительственный прием в Кремль.
Во время Великой Отечественной войны более 400 жителей села ушли на фронт, 230 из них погибли. Жителю села Сычеву В. Е. присвоено звание Героя Советского Союза.
С ноября 1941 г. по февраль 1943 г. село было оккупировано фашистскими войсками. В 50-е годы колхоз им. Калинина был лидером области по получению высоких урожаев сахарной свеклы. Звеньевые Сафонова П. И. и Дядилова М. С. повторили рекорд пятисотниц 30-х годов.
С. Нижние Пены обладает уникальной этнокультурой. Изучением песенных традиций и обрядов села занимались экспедиции студентов и преподавателей института им. Гнесиных г. Москвы в 1937-1940 гг., в 1978 г. В 1968 г. ростовской киностудией в селе снимался фильм «Нижнепенские карагоды и вечерки».
В середине 50-х годов было широко известно трио дударей - И.П. Польской, И.Т. Сафонов, И.М. Бабынин, которые участвовали в областных и республиканских фольклорных фестивалях, всероссийских смотрах художественной самодеятельности, в 1981 г. участвовали в телепередаче «От всей души».
